Símbolo do Município criado pelo pintor Diógenes Duarte Paes e oficializado pela Lei Municipal nº 904, de 9/5/1961, de iniciativa do vereador Tarcísio Germano de Lemos. Seu campo verde recorda o velho Mato Grosso de Jundiaí, ao mesmo tempo simboliza a primorosa viticultura atual do município. A roda dentada é o símbolo do seu rico parque industrial e o baluarte no centro da mesma, com o escudete que, conforme consta no brasão, evoca a Porta do Sertão, assim como o nome de sua padroeira, Nossa Senhora do Desterro. Os dois milésimos – 1615 e 1655 – lembram a fundação do povoado e a sua elevação a Vila, respectivamente. A roda dentada é em vermelho, porque, assim, reunindo-se sobre o verde o vermelho, mais o branco, compõe o conjunto das cores da bandeira italiana e, desta forma, fica constando da bandeira jundiaiense merecida homenagem à pujante colônia italiana radicada neste município. A faixa azul-claro simboliza o Rio Jundiaí, que deu nome à cidade.