Criada pela Lei nº 406, de 10 de junho de 1955, demorou cerca de dez anos até que efetivamente se implantasse em Jundiaí essa instituição de indiscutível importância para o resguardo da memória da cidade e a difusão de conhecimentos de caráter histórico, artístico e cultural entre as novas gerações. Foi em maio de 1964, no início da primeira gestão do prefeito Pedro Fávaro, que se tomou a primeira medida concreta objetivando-se a organização do museu local, com a nomeação do Padre Antonio Maria Stafuzza para essa tarefa. A partir de um projeto apresentado pelo historiador e museólogo carioca Arnaldo Machado, demonstrando como o museu poderia ser estruturado, Stafuzza partiu para o trabalho de campo, coletando materiais nas áreas de zoologia geral, entomologia, mineralogia, botânica, pinacoteca e história. Finalmente, em 28 de março de 1965, o Museu foi inaugurado no Parque Municipal Comendador Antonio Carbonari, com mostra de peças em taxidermia, minérios, selos, moedas, amostras de madeira etc., em armários especialmente confeccionados para essas coleções, e também realizou a primeira exposição da Pinacoteca do Estado. Durante a década de 70, o museu dividiu espaço com a Biblioteca Pública Municipal, primeiro, no antigo prédio do Centro de Saúde, na Praça dos Andradas; depois, na Rua Rangel Pestana, no prédio em que funcionou a Cooperativa dos Empregados da Cia. Paulista, onde esteve sediada a antiga Secet; e, por último, no Centro Jundiaiense de Cultura (antigo G. E. Siqueira Moraes), de onde saiu em 1982, quando ganhou o seu espaço definitivo no Solar do Barão de Jundiaí.
